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这包括生殖器官局部的炎症，肿瘤及发育异常，营养不良，颅内疾患，其他内分泌功能失调如甲状腺，肾上腺皮持功能异常，糖尿病，血液疾患等，使用治疗精神病的药物，内分泌制剂或采取宫内节育器避孕者均可能发生月经不调，某些职业如长跑运动员容易出现闭经，此外，某些妊娠期异常出血也往往被误认为是月经不调。
临床上诊断神经内分泌功能失调性的月经病，必须要排除上述的各种器质性原因。
2.情绪异常引起月经失调：
情绪异常长期的精神压抑，生闷气或遭受重大精神刺激和心理创伤，都可导致月经失调或痛经，闭经，这是因为月经是卵巢分泌的激素刺激子宫内膜后形成的，所以无论是卵巢，脑下垂体，还是下丘脑的功能发生异常，都会影响到月经。
3.寒冷刺激引起月经过少甚至闭经：
起居无度据研究，妇女经期受寒冷刺激，会使盆腔内的血管过分收缩，可引起月经过少甚至闭经，因此，妇女日常生活应有规律，避免劳累过度，尤其是经期要防寒避湿。
4.节食引起月经不调：
专家关于过度节食的研究表明，只有在女孩的脂肪至少占其体重的17％，并且体脂达到其体重的至少22％，才能维持正常的月经周期时，才可能发生月经初潮。节食过多会由于体内能量摄入不足而影响月经。月经来潮，甚至月经稀少或闭经，因此，想要苗条身材的女性一定不要盲目饮食。
5.嗜烟酒引起月经不调：
烟酒和酒精中的某些成分会干扰与月经有关的生理过程，并导致月经不调。在过度吸烟和饮酒的女性中，有25％-32％的女医院就诊。在每天吸烟超过1包或喝超过毫克高级酒的女性中，月经不调是非吸烟和饮酒女性的3倍，因此女性不应吸烟和饮酒较少。
月经正常来潮是成熟女性身体健康的重要标志，许多妇女发生月经失调后，只是从子宫发育不全，急慢性盆腔炎，子宫肌瘤等妇科疾病去考虑，而忽视了在子宫之外去找原因，岂不知，许多不良习惯因素也可能导致月经失调。